关于世界上曾经或曾经存在过多少种可可树木（Theobroma spp），目前存在一些争论。识别（和辩论）的公认变种包括可可树ssp。可可（叫做克里奥洛（Criolo），在整个中美洲都有发现）；T.可可属 sphaerocarpum（称为弗拉斯特罗和北部亚马逊河流域发现的）; 和两者的混合称为Trinitario。

       近的遗传研究表明，所有形式的可可都是Forastero的简单形式。如果属实，可可起源于哥伦比亚和厄瓜多尔的上亚马逊地区，并通过人工干预被带到中美洲。人种学研究 北部亚马逊地区的研究表明，可可的使用仅限于水果而不是豆类加工中产生的可可茶。

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       早使用巧克力

       早可可豆的使用证据位于亚马逊盆地外，可追溯到公元前1900-1500年。研究人员使用质谱法对中美洲早的几个碗内部的残留物进行了质谱分析，并在墨西哥南部恰帕斯州Mokaya的Paso de la Amada的一个通勤室内发现了可可碱的证据。他们还从韦拉克鲁斯的El Manati Olmec遗址（约公元前1650-1500年）发现了一个可可碱检测呈阳性的碗。

       其他早期发现使用巧克力的考古遗址包括约公元前1150年在洪都拉斯的埃斯孔迪多港（Puerto Escondido）和公元前1000-400年之间的伯利兹伯尔（Colha）。

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       巧克力创新

       显然，种植和养育可可树木的创新是中美洲的发明。直到近，学者们还相信，由于玛雅语“ kakaw”一词起源于奥尔梅克语，奥尔梅克语一定是这种美味液体的祖先。然而，近在洪都拉斯埃斯孔迪多港的考古学研究表明，当洪都拉斯与Soconusco地区进行积极贸易时，可可驯化的初步骤发生在奥尔梅克文明兴起之前。

       有早期巧克力驯化证据的考古遗址包括帕索·德拉·阿马达（墨西哥），埃尔马纳蒂（墨西哥），埃斯孔迪多港（洪都拉斯），巴特苏贝（伯利兹），南安提奇（危地马拉），里奥阿祖尔（危地马拉），科尔哈（伯利兹）。